La Ontología especial que establece los diversos géneros de materialidad (M₁, M₂, M₃) [65, 72-75] a través de los cuales se determina la realidad constituida en el Mundo material analiza este Mundo material haciendo abstracción de las configuraciones o morfologías en las cuales se manifiestan las diversas materialidades genéricas; sólo a título de ejemplos se refiere la Ontología especial abstracta a alguna morfología aislada: un dado hexaédrico ilustrará, por su corporeidad, el sentido de la materialidad primogenérica; en cuanto contenido de una tirada de un jugador podrá ilustrar el sentido de la materialidad segundogenérica y en cuanto elemento de una clase de dados (o de un cojunto de tiradas) que tiende a infinito, y en cuyo ámbito podrá aproximarse al concepto de dado perfecto, servirá de ejemplo de la materialidad terciogenérica.

Pero la materialidad del Mundo real no se agota en el análisis instituido por la Ontología abstracta. Los diferentes géneros de materialidad, sobre todo en el momento de su «intersección», aparecen organizados en configuraciones o morfologías materiales características («hoja de árbol», «planeta», «dado hexaédrico», «clan cónico», «Luna», «boca», «libro», «molécula de ADN»...) cuya consideración global corresponde también a la Ontología especial. Esta es la razón por la cual el materialismo filosófico postula una Ontología especial morfológica a lado de la Ontología especial abstracta (abstracta precisamente respecto de las morfologías). Por lo demás, la distinción entre estos dos «niveles» de la Ontología especial podría ser reconocida en sistemas filosóficos de muy diversa orientación (los ocho libros de la Física de Aristóteles constituyen una Ontología especial abstracta del Mundo, mientras que los libros sobre el Cielo o el Alma corresponden a una Ontología especial morfológica; las tres primeras vías de Santo Tomás se mantienen en el terreno de la Ontología abstracta y las dos últimas en el terreno de la Ontología morfológica; la Lógica de Hegel podría interpretarse como Ontología especial abstracta, mientras que la Filosofía de la Naturaleza y la Filosofía del Espíritu corresponden a una Ontología especial morfológica).

La cuestión central de la Ontología especial morfológica es la cuestión de la Scala Naturae, cuestión que no tiene por qué comprometerse con el «Mito de la Naturaleza», es decir, con el sobrentendido de la Naturaleza como una suerte de super-organismo «hipocrático» dotado de una finalidad o inspiración propia, mito latente en expresiones tales como «madre Naturaleza», «sabia naturaleza», o en programas similares al programa «Gaia» de Lovelock.

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